I. Реализация Указов Президента Российской Федерации от 7 мая 2012 года, основных направлений деятельности Правительства Российской Федерации на период до 2018 года.
II. Повышение эффективности контрольно-надзорной деятельности и ее обеспечения.
III. Совершенствование организации проведения санитарно-противоэпидемических и профилактических мероприятий в отношении инфекционных болезней.
IV. Совершенствование федерального государственного санитарно-эпидемиологического контроля (надзора).
V. Совершенствование федерального государственного надзора в области защиты прав потребителей и повышение гарантированного уровня защиты прав потребителей.
VI. Совершенствование деятельности по предоставлению государственных услуг и осуществлению государственных функций за счет внедрения информационно-коммуникационных технологий.
VII. Совершенствование принципов кадровой политики, реализация комплекса мер по профилактике коррупционных и иных правонарушений.
VIII. Финансово-экономическое и имущественное обеспечение деятельности, модернизация бюджетного процесса в условиях внедрения программно-целевых методов управления.